Kỷ nguyên của Alex Ferguson (1986-1999)
Alex Ferguson thay thế Atkinson dẫn dắt đội và kết thúc mùa giải ở vị trí 11. Mùa giải tiếp theo (1987-88), United kết thúc ở vị trí thứ hai, với việc Brian McClair trở thành cầu thủ United đầu tiên sau George Best ghi được 20 bàn trong một mùa.
Tuy nhiên, United đi xuống vào năm 1989, với nhiều bản hợp đồng của Ferguson không được như sự trông đợi của người hâm mộ. Đã có sự suy đoán rằng Ferguson sẽ bị sa thải vào đầu năm 1990 nhưng chiến thắng tại vòng ba của FA Cup trước Nottingham Forest F.C. đã cứu vãn cả mùa giải và United đoạt vô địch FA Cup mùa này.
United giành chiến thắng tại Cúp các nhà vô địch Cúp quốc gia Châu Âu (European Cup Winners' Cup) vào mùa 1990-91, đánh bại nhà vô địch Tây Ban Nha Barcelona ở trận chung kết, nhưng ở mùa giải tiếp theo Manchester United để tuột chức vô địch giải quốc gia về tay địch thủ Leeds United. Trong lúc ấy vào năm 1991 câu lạc bộ được tung ra thị trường chứng khoán London với giá 18 triệu bảng Anh, do đó mang vấn đề tài chính của United ra trước công chúng, điều mà trước đó chưa từng xảy ra.
Vụ chuyển nhượng Eric Cantona vào tháng 11 năm 1992 mang đến cho United sức mạnh lớn, và họ kết thúc mùa giải 1992-93 với chức vô địch lần đầu sau năm 1967. Họ giành cú đúp (vô địch giải Ngoại hạng và FA Cup) lần đầu tiên vào mùa giải tiếp theo, nhưng huấn luyện viên huyền thoại đồng thời là chủ tịch câu lạc bộ Matt Busby mất vào ngày 20 tháng 1 năm 1994.
Ở mùa giải 1994-95, Cantona nhận án treo giò 8 tháng vì nhảy vào khán đài và tấn công một cổ động viên của Crystal Palace F.C.. Thua hai trận cuối cùng khiến cho United thành kẻ về nhì cả ở giải Ngoại hạng và FA Cup. Ferguson sau đó đã xúc phạm cổ động viên bằng cách bán đi các cầu thủ chủ chốt và thay họ bằng các cầu thủ từ đội hình trẻ. Tuy vậy các cầu thủ trẻ, một vài trong số họ sau này nhanh chóng trở thành những cầu thủ nổi tiếng thế giới, đã thi đấu tốt một cách đáng ngạc nhiên và United giành cú đúp lần nữa ở mùa giải 1995-96.
Họ đoạt vô địch giải Ngoại hạng năm 1997, và Eric Cantona chia tay với sự nghiệp bóng đá ở tuổi 30, sớm hơn một vài năm so với phần lớn các cầu thủ khác. United khởi đầu mùa giải tiếp theo một cách suông sẻ nhưng cuối cùng một loạt những chấn thương khiến họ về nhì cả giải Ngoại hạng Anh và FA Cup sau Arsenal F.C.
Cú ăn ba (1998–99)
1998-99 là mùa giải thành công nhất trong lịch sử câu lạc bộ, Manchester United trở thành đội bóng Anh đầu tiên đạt được cú ăn ba - vô địch cả giải Ngoại hạng Anh, FA Cup và Champions League trong một mùa giải. Trận chung kết Champions League hết sức thú vị khi United bị dẫn 1-0 khi trận đấu chỉ còn 1 phút, tuy nhiên hai bàn thắng ghi được ở phút bù giờ đã giúp họ giành được chiến thắng từ tay Bayern München. Hai tiền vệ trung tâm chủ chốt của United, Roy Keane và Paul Scholes, không được dự trận đấu này vì bị treo giò. Sau đó Ferguson được phong tước hiệp sĩ vì những đóng góp cho bóng đá Anh.
Vụ chuyển nhượng tiếp theo được cho là vô cùng thành công của Sir Alex chính là việc đưa về sân Old Trafford Cristiano Ronaldo từ CLB Sporting Lisbon với giá chuyển nhượng 12 triệu bảng vào năm 2004.07-08 là mùa giải vô cùng thành công với Ronaldo và MU khi anh đưa MU tới cú đúp UEFA Champion League và Premier League bằng 42 bàn thắng của mình.Sau mùa giải 2008-2009 két thúc, sự lo sợ của các fan Mu đã đến, Ronaldo tới Real Madrid với giá chuyển nhượng kỉ lục, 94 triệu euro, nhận mức lương khổng lồ:200000 bảng/ tuần sau thuế.
Sau cú ăn ba (1999 - 2009)
Alex FergusonUnited đoạt vô địch giải Ngoại hạng các năm 2000 và 2001 nhưng báo giới cho rằng những mùa giải này là thất bại vì đã thi đấu không thành công tại Champions League. Ferguson sử dụng lối chơi thiên về phòng thủ nhiều hơn khiến United khó bị đánh bại tại châu Âu nhưng điều đó đã không thành công, United kết thúc mùa giải 2002 ở vị trí thứ 3. Họ giành lại chức vô địch ở mùa giải 2002-03, nhưng phong độ đi xuống khi Rio Ferdinand nhận án treo giò 8 tháng vì bỏ lỡ một buổi kiểm tra doping. Họ chỉ vô địch F.A. Cup năm 2004, tuy nhiên đã loại Arsenal F.C. (vô địch giải Ngoại hạng Anh mùa này) trên đường đến trận chung kết.
Mùa giải 2004-05 United tiếp tục thi đấu không thành công vì khả năng ghi bàn kém cỏi, và United kết thúc mùa giải chỉ với một phần thưởng an ủi caling cup và chỉ về thứ 3 ở giải Ngoại hạng. Lúc này mặc dù chơi hay hơn Arsenal trong trận chung kết nhưng United bị thua sau loạt penalty. Cuối mùa giải đó Malcolm Glazer mua lại câu lạc bộ và biến nó thành tài sản riêng của mình.
United mở đầu mùa giải 2005-06 không suông sẻ, với việc đội trưởng Roy Keane rời câu lạc bộ sau khi chỉ trích công khai đồng đội, và sau khi thi đấu tệ hại ở vòng bảng, lần đầu tiên sau hơn 10 năm họ không được dự vòng đấu loại trực tiếp UEFA Champion's League.
Nhưng 3 năm sau đó là quãng thời gian tuyệt vời của MU, giành 3 chức vô địch Premier League liên tiếp, 1 cúp Champons League sau chiến thắng nghẹt thở trước Chelsea(2007-2008), 1 cúp thế giới Các câu lạc bộ tại Nhật Bản(2008-2009) và những thành công trên thị trường chuyển nhượng. Nhưng điều đáng tiếc nhất là MU đã không bảo vệ được chức vô địch Champons League năm 2008-2009 trước Barcalona. Và đó cũng là trận đấu cuối cùng của Ronaldo với MU.